Рудные узлы совпадают с осложняющими грабенообразный прогиб вулкано-тектоническими депрессиями. Арылахский рудный узел, включающий рудное поле и месторождение Лунное, контролируется хорошо выраженной раннемеловой резургентной депрессией, в центре которой обнажается одноименный полнодифференцированный ранне-поздне-меловой многофазный гранитоидный массив быстринского комплекса. Периферию депрессии слагает аскольдинская свита ультракалиевых риолитов, а в средней части развита угленосная моласса омсукчанской серии. С юга раннемеловая депрессия перекрыта позднемеловой Сарманской вулкано-тектонической депрессией. Позиции рудных полей в Арылахском узле определяются пересечением субмеридиональных разломов (кулис Омсукчанского разлома), поперечных (субширотных) и дуговых магмо- и рудоконтролирующих разломов.
Лунное рудное поле приурочено к области интенференции Арылахской интрузивно-купольной структуры и северной части Сарманской вулкано-тектонической депрессии. Для области интенференции этих двух структур характерно максимальное разнообразие и полнота проявления магматических и тектонических факторов. Арылахское интрузивно-купольное поднятие хорошо выражено на гравиметрических и магнитометрических картах.
В пределах рудного поля выделяется два основных участка-месторождения :
Центральный (включающий V и VII рудные зоны) и Южный - месторождение рудной зоны IX, а также ряд мелких рудопроявлений.
Месторождение IX рудной зоны связано с крупноамплитудным субширотным Лунным сбросом, ограничивающим с севера Сарманскую вулкано-тектоническую депрессию.
На участке Центральном рудовмещающими являются, как ороговикованные песчаники и алевролиты омсукчанской серии в экзоконтактовых частях гранитоидного массива (точнее его гранодиоритовой фазы), так и сами гранодиориты в эндоконтактовых частях массива.
Гидротермально-метасоматические изменения вмещающих пород представлены пропилитизациеи низко- и среднетемпературной ступеней и околорудной березитизацией. В кислых надрудных отложениях развиты зоны аргиллизации. Синрудные околожильные изменения проявлены в виде адуляр-кварцевых новообразований, развитых вокруг жил на расстоянии до 10-20см.
Вертикальная минералогическая зональность на месторождении проявлена слабо. В некоторых рудных телах отмечаются элементы концентрической зональности: на флангах или глубоких горизонтах развита ранняя, а в центральных частях - поздняя кварц-сульфидная ассоциация. Кроме того для месторождений характерна стадийная зональность тектонического приоткрывания, выраженная в совмещении в пределах одних и тех же участков рудовмещающих разломов продуктов различных стадий минералообразования.
Первичные геохимические ореолы на месторождениях также характеризуются концентрической или чехольной зональностью. В центральных частях ореолов преобладают серебро, золото, свинец, сурьма; а на периферии - медь, цинк, молибден, мышьяк, олово, висмут.
Рудные тела представлены минерализованными зонами, объединяющими одну или несколько стволовых жил и сопоставимый по мощности ореол продуктивной прожилково-вкрапленной минерализации. Местами рудные тела представлены жильными зонами типа "конского хвоста" (рудная зона IX).
Текстуры руд - брекчиевые, крустификационные, каркасно-пластинчатые, кокардовые, пятнистые, грубо- и тонкополосчатые.
Состав жильной минерализации Центрального участка - адуляр-родонит-кварцевый, а на месторождении IX рудной зоны - кварц-карбонатный.
Зона окисления для месторождения не характерна.
До 50-80% запасов золота и серебра концентрируется в пределах рудных столбов.
Термобарогеохимимические и изотопные исследования позволяют предложить следующие элементы генетической модели месторождения. По данным газово-жидких включений, рудоотложение протекало в интервале температур 420-1300 в устойчивом режиме снижения средних температур от ранних стадий к последним, в условиях низкой солености растворов (отсутствие твердой фазы в микровключениях), в результате вскипания рудоносных гидротерм. Rb/Sr изотопное определение возраста по адуляру продуктивных ассоциаций показало поздний мел (87+/- 2 млн. лет). Сопоставление этих данных с K-Ar данными по расположенному в соседнем рудном узле Дукатскому месторождению демонстрирует примечательную близость датировок, несмотря на различные аналитические методы. Вместе с тем, не исключено, что процесс рудообразования в пределах рудного поля имел более длительный характер. На это указывает палеогеновый изотопный возраст галенита (РЬ/РЬ) из жилы рудопроявления Х зоны - 42 млн.лет. Отношение изотопов Sr 87/86 равно 0,7051 +/- 0,0006, что предположительно может указывать на мантийный источник рудного вещества.
Стадии рудообразования : кварц-адуляр-пиритовая; ранняя кварц-сульфидная; родонит-сульфидная; поздняя кварц-сульфидная; карбонатная.